رییس دانشگاه در این نامه خطاب به ریاست جمهور آورده است: ' در ابتدا از زحمات بی‌شائبه و ارزشمند حضرتعالی برای حل مشکلات کشور و دانشگاه‌ها کمال تشکر و قدردانی را دارم و از خداوند متعال برای شما استاد بزرگوار و اعضای محترم کابینه دولت فخیمه آرزوی توفیق و سعادت دارم. همچنین از حضرتعالی و وزیر محترم علوم، تحقیقات و فناوری بابت امکان جلسه حضوری و طرح مسائل دانشگاه‌ها که نشان از بینش و حکمت حضرات دارد نیز تشکر می‌نمایم و با عنایت به فرصت پیش آمده در راستای بیانات مقام معظم رهبری(مدظله العالی) در خصوص ارتباط عمیق پیشرفت و اقتدار ملّی به پیشرفت در حوزه ی علم و فناوری و نوآوری، چند مسئله راهبردی دانشگاه‌ها به شرح بندهای زیر مطرح می‌شود:

1-مشکلات شرکت‌های دانش بنیان: ضمن تأکید بر حمایت صحیح و واقعی از ایجاد شرکت‌های دانش بنیان، به استحضار می رساند، نگاه سطحی در افزایش تعداد شرکت‌های دانش بنیان در پارک‌های علم و فناوری و دادن وام‌های ارزان قیمت و دوپینگ  این شرکت‌ها در سال‌های گذشته بدون درنظر گرفتن الزامات اقتصاد و صنعت و بدون درنظر گرفتن مختصات دانش بنیان شدن تولیدات، موجب می‌شود در آینده نزدیک برای پارک‌های علم و فناوری و دانشگاه‌ها مشکلات عدیده‌ای را بوجود آورد و احتمال استفاده رانت جویان و حذف کارآفرینان واقعی، دور از ذهن نیست. لذا ضروریست معاونت محترم علمی و فناوری ریاست محترم جمهور در اینخصوص بازنگری نموده و کل نظام اجتماعی کشور، و بهره¬وری و آزادی اقتصادی و فرایند گذار به وضعیت تازه و سازوکارها و مجاری اثرگذاری را نیز در نظر گرفته و ارزیابی مجددی از چگونگی حضور شرکت‌های دانش بنیان و چگونگی حمایت از آنها انجام دهد.
آمادگی اینجانب و دانشگاه تربیت مدرس برای همکاری در این خصوص و ارائه راهکارهای بهینه و عملی اعلام می شود.

2-کمبود حقوق و مزایای اعضای هیأت علمی و مهاجرت اساتید: اعضای محترم هیأت علمی دانشگاه‌ها در شش ماه گذشته با کاهش حقوق و افزایش هزینه‌ها، بالاخص افزایش حدوداً صد در صدی اجاره مسکن مواجه شده و تعادل اقتصاد خانواده آنها مخصوصاً برای اساتید جوان‌تر بهم خورده و آرامش خود را از دست داده و در اداره¬ی مخارج زندگی مستأصل شده‌اند. هم اکنون تعداد قابل توجهی از اساتید به دنبال پیدا کردن موقعیت شغلی با حقوق مکفی در خارج از کشور هستند و با توجه به توان علمی بسیار بالا و نخبگی اساتید دانشگاه‌های برتر کشور از جمله اساتید دانشگاه تربیت مدرس، بسیاری از اساتید در پیدا کردن موقعیت شغلی مناسب در خارج از کشور موفق گردیده و بسیاری دیگر در اندک زمانی موفق خواهند شد. لذا اینجانب خطر مهاجرت اساتید جوان و نخبه کشور را واقعی و غیر قابل کتمان ارزیابی نموده و استدعا دارم تا قبل از وخیم‌تر شدن اوضاع نسبت به حل و فصل این مسئله اقدام عاجل صورت گیرد. راه‌حل‌های این مشکل می¬تواند شامل مواردی مانند واگذاری بخشی از زمین‌های دانشگاه‌ها برای رفع مشکل مسکن اعضای هیأت علمی، دادن وام‌‌های بیش از یک میلیارد تومانی برای رهن مسکن مورد نیاز به هر استاد با مدت خواب چهار ساله و بدون بهره و کارمزد، افزایش قابل توجه حق مسکن اعضای هیأت علمی به میزان حداقل پنجاه درصد حقوق و تأمین اعتبارات آن مازاد بر اعتبارات مصوب سالانه دانشگاه‌ها، همسان‌سازی واقعی و بدور از تغابن حقوق اعضای هیأت علمی دانشگاه‌های زیر مجموعه وزارت عتف با اعضای هیأت علمی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، و عدم تغییر سریع و مداوم قوانین و نحوه محاسبات حقوق و مزایای اساتید در هر سال برای حفظ پایداری و امکان برنامه‌ریزی و... شود.
آمادگی اینجانب و دانشگاه تربیت مدرس برای همکاری در این خصوص و ارائه راهکارهای بهینه و عملی اعلام می شود.
3-کمبود بودجه دانشگاه‌ها و ناکارامدی نحوه تخصیص: در حال حاضر بیشتر بودجه دانشگاه‌ها برای پرداخت حقوق و مزایای اعضای هیأت علمی و کارمندان قراردادی و شرکتی و تأمین تغذیه دانشجویی و امور خوابگاه‌ها و ساخت ساختمان‌های نیمه‌تمام صرف می‌شود و عملاً میزان ناچیز و بسیار کمی یعنی بین ده تا بیست درصد از بودجه برای امور آموزشی، پژوهشی، فناوری، تعمیر و تجهیز آزمایشگاه‌ها، روابط بین‌الملل و دیپلماسی علمی، فرصت‌های مطالعاتی، تهیه منابع علمی، و امور فرهنگی و دانشجویی باقی می ماند. نحوه تخصیص همین بودجه ناکافی مصوب دانشگاه‌ها توسط سازمان برنامه و بودجه نیز مشکل مازادی است. هر ماه دانشگاه باید عاجزانه و دور از شأن و جایگاه علم و عالم، دریافت بودجه ماهانه خود را در سازمان برنامه و بودجه پیگیری نماید. ادامه روند کمبود بودجه برای امور دانشگاه قطعاً باعث افول کیفیت آموزشی، پژوهشی و فناوری، فرهنگی و کاهش رضایتمندی در بین دانشگاهیان خواهد شد. همچنین ادامه روند نامناسب فعلی در تخصیص بودجه ماهانه دانشگاه‌ها نیز باعث دلسردی مدیران دانشگاه‌ها خواهد شد. رؤسای دانشگاه‌های برتر درخواست دارند تا دستور فرمایید اوّل، بودجه دانشگاه‌ها هر ماه بصورت یک دوازدهم محاسبه و بدون فوت وقت پرداخت شود و تحت هیچ شرایطی در هر ماه کمتر از یک دوازدهم تخصیص داده نشود. دوّم، برای تجهیز آزمایشگاه‌ها، اعتبارات مازاد دیگری خارج از بودجه مصوب سالانه مثلاً از طریق تأمین اعتبار از حساب ذخیره ارزی پیش‌بینی شود. سوّم، متمم بودجه به میزان حداقل پنجاه درصد برای جبران کمبودهای دانشگاه پیش‌بینی شود.
آمادگی اینجانب و دانشگاه تربیت مدرس برای همکاری در این خصوص و ارائه راهکارهای بهینه و عملی اعلام می شود.
4-سیزده دانشگاه برتر کشور: همه دانشگاه‌ها دارای توان و ظرفیت و امکانات یکسانی نیستند و لذا مأموریت برخی نسبت به برخی دیگر متفاوت تعریف می شود. سیزده دانشگاه برتر کشور که دانشگاه تربیت مدرس نیز یکی از آنهاست امکان ارتقای جایگاه جهانی آموزش عالی کشور را بیشتر از سایر دانشگاه‌ها دارند. این دانشگاه‌ها به عنوان دانشگاه‌های برتر و مسئله‌محور با حمایت ویژه می توانند افتخارات علمی و فناورانه کشور را راحت تر رقم زده و به عنوان دانشگاه‌های مسئله‌محور در رفع مشکلات علمی و فناورانه کشور و همچنین تربیت اساتید و نیروهای متخصص عالم و انقلابی قدم‌های بلند و مؤثرتری را بردارند. لذا ضروریست بودجه و اختیارات ویژه‌ای برای این دانشگاه‌ها پیش بینی شود. آمادگی اینجانب و دانشگاه تربیت مدرس برای همکاری در این خصوص و ارائه راهکارهای بهینه و عملی اعلام می شود.
در خاتمه مجدد از مدیریت عالمانه و شجاعت و تدبیر و رفتار مخلصانه و خداپسندانه رییس محترم جمهور و تلاش های مدبرانه اعضای محترم کابینه دولت بالاخص وزیر محترم علوم،‌تحقیقات و فناوری کمال تشکر و قدردانی را دارم.'

شایان ذکر است رییس جمهور، نامه رییس دانشگاه در خصوص طرح چند مسئله راهبردی دانشگاه‌ها را به وزیر علوم،‌تحقیقات و فناوری، رییس سازمان برنامه و بودجه و رییس مرکز بررسی های استراتژیک برای پیگیری و اعلام نتیجه ارجاع نمود.

اصل نامه رییس دانشگاه در فایل پیوست قابل مشاهده است.